大戰(zhàn)之后閃焰隊(duì)解散，成員們只得自己另尋出路，大部分成員金盆洗手，和寶可夢(mèng)過(guò)上了普通日子。閃焰隊(duì)的干部們被捕入獄，迎接他們的是幾十年的牢獄生涯。

    帕琦拉是卡洛斯家喻戶(hù)曉的人物：她是受觀眾喜愛(ài)的知名主持人，也是卡洛斯的火系天王。她入獄的消息震驚了整個(gè)卡洛斯，喜愛(ài)她的觀眾和訓(xùn)練家無(wú)不為她惋惜。

    帕琦拉在接受媒體采訪(fǎng)時(shí)時(shí)并無(wú)悔過(guò)之意，她有她想守護(hù)的人和想堅(jiān)守的理想。她承認(rèn)她的想法與主流觀點(diǎn)相悖，然而觀點(diǎn)并無(wú)對(duì)錯(cuò)之分，她認(rèn)為自己履行了對(duì)弗拉達(dá)利的承諾，盡到了閃焰隊(duì)干部的職責(zé)。

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    【骷髏隊(duì)】

    古茲馬解散了骷髏隊(duì)。大姐頭布爾美麗開(kāi)始帶領(lǐng)部分隊(duì)員尋找新的生活方向，她自己也開(kāi)始為未來(lái)奮斗，最終挑戰(zhàn)了寶可夢(mèng)聯(lián)盟。

    解散后的骷髏隊(duì)成員開(kāi)辦了呆呆獸尾巴燒烤連鎖店。他們的尾巴來(lái)路正規(guī)，燒烤醬汁濃郁，讓人唇齒留香。在小溪的購(gòu)物中心里，也能找到他們的尾巴連鎖店。

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    【露莎米奈】

    露莎米奈把虛吾伊德放歸究極空間，她的神經(jīng)毒素徹底痊愈了，控制欲減弱，莉莉艾被允許穿她自己喜歡的衣服。她對(duì)被做成寶可夢(mèng)感到愧疚，半是為了贖罪，半是為了將來(lái)能和莫恩合作，她把工作當(dāng)成了人生的首要任務(wù)。

    以太基金會(huì)每年都會(huì)救助上萬(wàn)只寶可夢(mèng)，其中大部分寶可夢(mèng)在身體恢復(fù)后回到自然，小部分被訓(xùn)練家收養(yǎng)。布魯皇meimei一家不愿意被領(lǐng)養(yǎng)，一直留在以太基金會(huì)，小溪經(jīng)常帶布魯皇回家探親。

    以太基金會(huì)還和究極大都會(huì)合作，共同研究究極異獸。芭內(nèi)特、扎奧博和碧珂將以太基金會(huì)組織得僅僅有條，研究員總能在核心期刊發(fā)表論文。

    莫恩一直沒(méi)有找回記憶，露莎米奈也不愿意驚醒他。她反省曾經(jīng)的自己，年輕時(shí)的她控制欲太強(qiáng)，莫恩和她在一起時(shí)并不總是快樂(lè)的，莫恩現(xiàn)在生活得更幸福。她有意避開(kāi)莫恩，不去打擾他的生活?？墒俏迥旰蟮囊粋€(gè)下午，莫恩在與她商討合作時(shí)突然向她表白。

    “聽(tīng)說(shuō)您的丈夫不在了，那您愿意考慮我嗎？”他問(wèn)，“我總覺(jué)得，要是我有妻子，那她一定是您這樣的。”

    露莎米奈答應(yīng)了他。她在親友們的祝福下，又一次與莫恩步入婚姻的殿堂。這一次兩人再也沒(méi)有分開(kāi)。

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    【莉莉艾和格拉吉?dú)W】

    與究極異獸的決戰(zhàn)讓莉莉艾變得勇敢，她開(kāi)始了諸島巡禮。其間她收服了皮皮、花療環(huán)環(huán)和阿羅拉九尾，成為了妖精屬性訓(xùn)練家。她克服了膽怯，報(bào)名參加了拉納基拉山的聯(lián)盟大會(huì)。雖然并沒(méi)有取得名次，但是戰(zhàn)斗卻讓她加深了和寶可夢(mèng)的牽絆。

    她發(fā)現(xiàn)自己的興趣并不在對(duì)戰(zhàn)，她不喜歡寶可夢(mèng)受傷；她的興趣在為寶可夢(mèng)治療，她想要成為喬伊小姐那樣能治愈寶可夢(mèng)身體創(chuàng)傷的人。

    大會(huì)之后，就在她準(zhǔn)備回家時(shí)，許久不見(jiàn)的小星云突然出現(xiàn)。久別重逢，莉莉艾與它對(duì)戰(zhàn)后收服了它。她帶著小星云等寶可夢(mèng)在各個(gè)地區(qū)冒險(xiǎn)。她們見(jiàn)到了許多未曾見(jiàn)過(guò)的寶可夢(mèng)。幾年后她回到以太基金會(huì)工作，職業(yè)是寶可夢(mèng)治療師。

    為了變強(qiáng)，她的哥哥格拉吉?dú)W在大戰(zhàn)后登上了駛往關(guān)都地區(qū)的豪華游輪——圣特安努號(hào)。他挑戰(zhàn)關(guān)都地區(qū)的強(qiáng)大訓(xùn)練家，從切磋中學(xué)習(xí)對(duì)戰(zhàn)技巧。他的氣質(zhì)在一次次驚險(xiǎn)的對(duì)決中發(fā)生了改變，唯一不變的是他的發(fā)型。他最終回到阿羅拉，從母親手中繼承了基金會(huì)。

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    【究極大都會(huì)】

    究極大都會(huì)重新獲得了光明，阿瑪茉和達(dá)爾斯在領(lǐng)導(dǎo)人西奧尼拉的指揮下，與索爾迦雷歐和露奈雅拉一同參與重建。新城市中沒(méi)有高塔，建筑物摒棄了黑色的外墻和棱角分明的風(fēng)格。居民們?yōu)楣廨x大神召開(kāi)了追思會(huì)，歌頌光明，反思?xì)v史，感謝神的原諒。

    阿瑪茉和達(dá)爾斯性格相去甚遠(yuǎn)，然而一起冒險(xiǎn)和工作的經(jīng)歷讓兩人發(fā)現(xiàn)了彼此的重要性。他們最終結(jié)婚生子。阿瑪茉懷念阿羅拉的自然風(fēng)光和寶可夢(mèng)，和達(dá)爾斯乘坐露奈雅拉返回阿羅拉，在此定居。兩人在以太基金會(huì)工作，研究和調(diào)查未知的究極異獸。

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    【庫(kù)庫(kù)伊和芭內(nèi)特】

    聯(lián)盟落成，庫(kù)庫(kù)伊發(fā)表了講話(huà)，并以選手身份參加第一屆大會(huì)，毫無(wú)懸念地取得了冠軍。之后的兩年，他以冠軍的身份挑戰(zhàn)參賽者。第一年，小智與莎莉娜道別后來(lái)阿羅拉冒險(xiǎn)，在聯(lián)盟大會(huì)中戰(zhàn)勝了庫(kù)庫(kù)伊。第二年，庫(kù)庫(kù)伊輸給了阿羅拉的新人訓(xùn)練家美月。他將冠軍的職務(wù)交給了美月，做回了寶可夢(mèng)博士。

    為了不打破芭內(nèi)特對(duì)皇家蒙面人的美好幻想，他小心翼翼地隱藏自己的馬甲。但某次與島嶼之王聚餐時(shí)，庫(kù)庫(kù)伊不慎喝醉，回到家后整理衣柜時(shí)，他將皇家蒙面人的面具扔進(jìn)了全家共用的臟衣袋。芭內(nèi)特這才發(fā)現(xiàn)男神和丈夫是同一人。她的幻想非但沒(méi)有破碎，反而成了真。

    很快芭內(nèi)特懷孕，生下一位長(zhǎng)相酷似庫(kù)庫(kù)伊的男孩。男孩被取名為“雷伊”，意思是“阿羅拉的花環(huán)”，也有“親愛(ài)”之意。

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    【島嶼之王】

    島嶼之王哈拉、默丹和島嶼女王麗姿繼續(xù)保護(hù)島嶼的安全，教導(dǎo)新人訓(xùn)練家。庫(kù)庫(kù)伊邀請(qǐng)三位島嶼之王擔(dān)任寶可夢(mèng)聯(lián)盟的四天王，默丹不喜歡熱鬧，懶得在眾人面前表演，因此拒絕了庫(kù)庫(kù)伊；哈拉和麗姿分別成為了新聯(lián)盟的格斗系和巖石系天王。哈拉退休后，他四天王的職責(zé)被馬睿因代替。