祖大壽的弟弟祖大弼一身是膽，人稱祖二瘋子，一天夜里他率敢死隊一百二十人縋城而下，每個人都戴上后金軍的大辮子，以渾水摸魚。此時皇太極還沒睡覺，正在看文書，祖大弼手拿大刀沖入皇太極的大帳，接連砍倒數(shù)人?；侍珮O忙拔出腰間佩劍，擋住祖大弼的大刀，兩人刀劍你來我往，皇太極漸漸不支。就在此時，阿濟(jì)格帶領(lǐng)侍衛(wèi)十人趕到護(hù)駕，皇太極死里逃生。趕來的后金軍越來越多，祖大弼大喝一聲，沖出重圍，在城下祖大壽派兵接應(yīng)，祖大弼安然回城?；爻呛簏c將，發(fā)現(xiàn)帶出的一百二十人全數(shù)回城，無一陣亡，僅有數(shù)人受傷。三國時有甘寧百騎劫曹營，戰(zhàn)后百騎未折一人，祖大弼可謂不讓古人。

    然而一場夜襲無法改變整個戰(zhàn)局，祖大壽堅守幾個月后，城內(nèi)斷糧，馬rou鼠rou雀rou食盡之后，開始出現(xiàn)人吃人現(xiàn)象。供役筑城的近萬名工匠、城內(nèi)的商賈平民、士兵中身體羸弱的先后被吃掉。炊骨析骸，古所沒有，人rou都吃光了，用骨頭來點火做飯，足見大凌河城內(nèi)已經(jīng)成了人間地獄。（《清太宗實錄》卷十）

    祖大壽真的撐不下去了，再吃就是吃自己的士兵了，與此同時皇太極先后七次寫勸降書給祖大壽，最終祖大壽決定投降，并送兒子祖可法到后金營中為人質(zhì)。由于祖大壽的家屬大部分在錦州，他表示投降后希望后金不要聲張，再替后金賺開錦州城。大凌河守將除何可綱外，都隨祖大壽降后金。祖大壽把何可綱押至城外，當(dāng)著兩軍將士的面，斬殺何可綱。何將軍臨死大笑：寧為大明鬼，不為韃子奴！

    隨后祖大壽與皇太極盟誓，皇太極說：凡此歸降將士，如果我們殺害他們，拆散他們妻子，收繳其財物牲畜，則我遭天譴，減我陽壽。若歸降將士，懷欺挾詐，歸降后再叛逃，則定遭天譴，減陽壽。

    祖大壽說：祖大壽等，遇滿洲國兵，圍困三月，軍餉已盡，率眾出降，傾心歸汗。（《清太宗實錄》卷十）

    當(dāng)晚，祖大壽到后金大營，皇太極親自出迎，兩人見面，祖大壽剛要行跪拜禮，皇太極止之，與他行抱見禮。這種滿族禮儀是兩個大老爺們見面，拱手作揖后，互屈一膝，相互左肩碰右肩，再右肩碰左肩，然后擁抱。這是女真人的最高禮儀。

    第二天，皇太極采納祖大壽建議，命后金軍四千多人著明軍軍裝，跟祖大壽的三百多人一起做潰逃狀，希望賺開錦州城門。由于天降大霧，后金軍走丟了，祖大壽便提出自己先入城，趁機(jī)斬殺明將后再擁兵獻(xiàn)城（此為明朝這邊的記載，《清太宗實錄》則記載是皇太極主動提出放祖大壽）。皇太極信以為真，派祖大壽與其侄子祖澤遠(yuǎn)前往錦州。

    祖大壽到錦州后，派人至后金大營報稱錦州明軍太多，表示要從容圖之，自己先在城內(nèi)做內(nèi)應(yīng)，今后適當(dāng)時機(jī)再獻(xiàn)城。皇太極無奈，率軍返回。

    祖大壽回錦州后，對巡撫邱禾嘉說自己是突圍而出。不久事泄，由于朝廷正是用人之際，祖大壽是關(guān)寧鐵騎的總指揮，崇禎沒有殺他，而是讓他入京面君。祖大壽心中有鬼，不敢入京，借故推辭。但從此開始，十年內(nèi)，祖大壽一直沒有與皇太極再聯(lián)系，一心一意守衛(wèi)錦州。十年之后，松錦大戰(zhàn)，祖大壽才真正降清。

    在與大明遼東爭鋒的同時，皇太極把兵鋒對準(zhǔn)了蒙古，漠南蒙古最強(qiáng)者為察哈爾部林丹汗（他是成吉思汗的子孫，明朝一些典籍將他稱作虎墩兔），察哈爾部兵強(qiáng)馬壯，有四十萬人，林丹汗曾說：南朝止一大明皇帝，北邊止我一人。努爾哈赤時林丹汗就曾遣使后金，在文書中狂妄地說：統(tǒng)四十萬眾蒙古國主巴圖魯成吉思汗，問水濱三萬人滿洲國主。各位貝勒大怒，主張將林丹汗來使一半斬殺，另一半砍掉鼻子耳朵后放回去報信。努爾哈赤對林丹汗使臣的處置還是比較文明的，他說：兩國交戰(zhàn)不斬來使，把林丹汗使臣先扣下，然后自己派使臣去與林丹汗交涉，問問林丹汗為何這么狂。結(jié)果林丹汗也跟努爾哈赤一樣，把后金的使者扣下，而努爾哈赤卻誤聞自己的使者被殺，于是大怒，心說林丹汗我給你臉你卻不要，這才把林丹汗的使者斬殺。剛殺死林丹汗的使者，努爾哈赤的使者就從林丹汗處買通看守逃回來了。雖然是一場誤會，但林丹汗聽說自己的使者被努爾哈赤斬殺后，大怒，于是雙方正式結(jié)仇。努爾哈赤死后，林丹汗恃兵強(qiáng)馬壯而不斷欺凌各部，漠南蒙古喀爾喀部、巴林部、喀喇沁部、扎魯特部、阿魯部紛紛歸順皇太極，至此察哈爾部越發(fā)孤立，皇太極的機(jī)會來了。

    1628年皇太極第一次征討林丹汗，將其打得大敗，林丹汗被迫從內(nèi)蒙古東部遷徙到河套一帶。1633年皇太極第二次征討林丹汗，林丹汗得知消息后率部一路狂逃，結(jié)果導(dǎo)致皇太極此番顆粒無收，僅斬殺察哈爾部一人，生擒六人。內(nèi)蒙古的沙漠險些讓皇太極全軍覆沒，在部隊斷糧時，突然見黃羊遍野，不可數(shù)計，遂殺死數(shù)萬。其中皇太極一人就射死了五十八只黃羊，若無這些黃羊，皇太極的大軍怕是都去見努爾哈赤了。當(dāng)時酷暑難耐，水也幾乎斷了，還有富余的水的士兵做起了生意，一頭黃羊換水一碗。

    既然出兵，不能白來，于是皇太極率軍攻入大明境內(nèi)的宣化、大同，進(jìn)行大屠殺，燒殺搶掠，房屋僅存原來的十分之一，死尸腐爛，無人收尸，死尸盈街遍野，連井里都被死尸填滿，臭穢難聞。這是繼己巳之變后皇太極第二次南侵。1635年皇太極第三次征討林丹汗，此番最終殲滅察哈爾部，林丹汗逃亡青海，途中得天花而死。林丹汗是成吉思汗的第二十二世孫，整個明朝，元朝的殘余勢力都一直存在，至此，隨著林丹汗之死，元朝殘余勢力徹底覆滅。林丹汗死后，其子歸降，并獻(xiàn)上傳國玉璽和氏璧。和氏璧從秦始皇用到后唐，末帝李從珂懷傳國璽登玄武樓自焚，傳國璽就此失蹤。宋朝時又出現(xiàn)所謂的和氏璧，其實就是假的了，這個假的和氏璧一直用到元順帝時，據(jù)說這顆玉璽元順帝北逃時還帶在身邊，他死后玉璽丟失，二百多年后，一個牧羊人見一只羊三天不吃草，用蹄子不停刨地，牧羊人好奇，挖地竟得到玉璽，后來將玉璽獻(xiàn)給林丹汗。此次皇太極得到玉璽，大喜過望。他當(dāng)然不知和氏璧之真假，他以為這就是一統(tǒng)萬年的征兆。